全球知名的工業(yè)物聯(lián)網(wǎng)解決方案提供商研華科技近日宣布發(fā)布與偉薩科技技術(shù)共同創(chuàng)建的DNA基因排序加速解決方案。該解決方案解決了大中華區(qū)和北美地區(qū)對非侵入性產(chǎn)前檢查（NIPT）和癌癥和疾病診斷市場日益增長的需求。
“下一代測序（NGS）”是近年來備受關(guān)注的基因技術(shù)。通過比較和分析DNA序列，NGS根據(jù)人類基因組數(shù)據(jù)庫精確定制治療方案。NGS通過定位存儲與潛在原因相關(guān)的信息來幫助醫(yī)療人員防止傳播和感染，對抗癌癥和罕見疾病。然而，產(chǎn)生了一個問題，基因服務(wù)提供者面臨著越來越大的挑戰(zhàn)：處理無休止的基因組數(shù)據(jù)。這個耗時耗力的過程阻礙了研究和進(jìn)展。
為了應(yīng)對這一挑戰(zhàn)，研華科技與偉薩科技，一家專長在基因組測序加速的臺灣公司，共同開發(fā)了一種加速解決方案。通過將研華SKY-7210服務(wù)器與偉薩科技的FPGA卡相結(jié)合，專為精密醫(yī)療行業(yè)設(shè)計出一種優(yōu)化和加速數(shù)據(jù)處理的基因測序一體式服務(wù)器。
借助這個高速平臺，種系分析管道處理時間最多可縮短25小時，從近33小時縮短到不足8小時，從而大大提高了效率并降低了TCO（總經(jīng)營成本）。該基因排序加速解決方案現(xiàn)在已經(jīng)在研究機構(gòu)、生物庫、診所和醫(yī)院開始使用，在基因組數(shù)據(jù)分析方面提供了更大的靈活性，并提升了精確醫(yī)學(xué)的價值。
基因排序加速解決方案
基因排序加速解決方案提供一個無痛的升級過程，使用本地BWA-MEM和GATK處理種系管道的二次分析。使用者可以在不更改工作流的情況下完成對齊、排序、標(biāo)記復(fù)制和變量調(diào)用的分析。隨著本機快速算法的加速，SNPs和INDELs的整體精度為99.9%，與原始軟件相同。此外，加速解決方案提供與原始軟件完全相同的輸出文件格式。
基因排序加速解決方案為在服務(wù)器上部署大數(shù)據(jù)和深度學(xué)習(xí)提供了一個平臺，該服務(wù)器具有3TB DDR4插槽、3 x NMC（網(wǎng)絡(luò)夾層卡）和2 x 300W GPU或6 x 150W GPU，以減少從HDD到FPGA的數(shù)據(jù)移動延遲。連接更靈活，更容易適應(yīng)未來的擴展。
